Η Ελεύθερνα ήταν μια από τις σημαντικότερες αρχαίες πόλεις της Κρήτης και πιστεύεται ότι ιδρύθηκε κατά τη μινωική εποχή. Οι ανασκαφές που ξεκίνησαν το 1985 έφεραν στο φως πολλά ευρήματα από διαφορετικές περιόδους, μεταξύ των οποίων μια πλήρης Νεκρόπολη που χρονολογείται από τις Γεωμετρικές και Αρχαίες περιόδους. Το 2009, η σημασία των ευρημάτων αναγνωρίστηκε από το Αρχαιολογικό Ινστιτούτο της Αμερικής που ανέφερε τον ιστότοπο στα Top 10 για ανασκαφές Ένα τοπικό μουσείο είναι υπό κατασκευή και αναμένεται να ανοίξει τις πόρτες του στο κοινό το 2015.

Η Φαιστός βρίσκεται στα νότια της Κρήτης, 62 χιλιόμετρα από το Ηράκλειο και κοντά στα Μάταλα και αποτελούσε όχι μόνο ένα από τα σημαντικότερα κέντρα του Μινωικού Πολιτισμού αλλά και την πιο πλούσια και ισχυρή πόλη της νότιας Κρήτης κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου. Η πόλη χτίστηκε σε ένα λόφο με το Παλάτι να παρακολουθεί τις πεδιάδες της Μεσσαράς. Το Ανάκτορο της Φαιστού ήταν το δεύτερο μεγαλύτερο Μινωικό Παλάτι μετά την Κνωσό και ήταν το παλάτι του Ραδαμάνθη, αδελφού του Βασιλιά Μίνωα. Κατασκευάστηκε για πρώτη φορά το 2000 π.Χ. αλλά καταστράφηκε και ξαναχτίστηκε το 1700 π.Χ. Ο επισκέπτης της ιστοσελίδας σήμερα μπορεί να δει την υψηλή πολυπλοκότητα των τεχνικών και της αρχιτεκτονικής του κτιρίου που στοχεύουν τόσο στη λειτουργικότητα όσο και στην αισθητική.

Το νεκροταφείο που βρισκόταν στους Αρμένους κατα την Μινωική περίοδο ήταν ανενόχλητο για χιλιάδες χρόνια πριν ξεκινήσουν οι ανασκαφές το 1969. Έκτοτε, ο αρχαιολόγος έφερε στο φως, ανθρώπινους σκελετούς και αντικείμενα ταφής, όπως κεραμική, όπλα και κοσμήματα, που μας δίνουν εξαιρετικά πολύτιμους σχηματισμούς για τη συγκεκριμένη εποχή και τους ανθρώπους που ζούσαν σε αυτήν. Πολλά από τα ευρήματα εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνου.

Η Σπιναλόγκα είναι ένα όμορφο μικρό νησί που μπορείτε να επισκεφθείτε με καραβάκι από την Ελούντα, την Πλάκα ή τον Άγιο Νικόλαο. Το νησί είναι διάσημο ως το «νησί των λεπρών» και είναι ένα μέρος όπου πολλοί άνθρωποι υπέφεραν και πέθαναν. Οχυρώθηκε σε μεγάλο βαθμό από τους Ενετούς για να προστατεύσει το σημαντικό λιμάνι της Ελούντας και μέρος αυτής της οχύρωσης παραμένει μέχρι σήμερα. Χρησιμοποιήθηκε για πρώτη φορά για να φιλοξενήσει τους λεπρούς της Κρήτης το 1905, αλλά το 1913 έγινε μια αποικία λεπρών για ασθενείς από όλη την Ελλάδα. Παρέμεινε μια αποικία λεπρών έως το 1957 όταν οι τελευταίοι ασθενείς έλαβαν αντιβιοτικά. Σήμερα θεωρείται τόπος μαρτυρίας και ιστορικής μνήμης. Σύμφωνα με ορισμένους, είναι ο δεύτερος πιο δημοφιλής ιστορικός χώρος στην Κρήτη μετά την Κνωσό.

Ο αρχαιολογικός χώρος της Αγίας Τριάδας (Αγία Τριάδα) βρίσκεται μόλις 3 χιλιόμετρα από τη Φαιστό και τμήματα του δρόμου που συνδέουν τα δύο που κάθονταν κατά την αρχαιότητα είναι ακόμα ορατά σήμερα. Θεωρείται ως ένα από τα σημαντικότερα μνημεία της μινωικής αρχιτεκτονικής και το μικρό παλάτι που χτίστηκε γύρω στο 1600 π.Χ. σε αυτή την τοποθεσία ήταν πιθανώς το θερινό ανάκτορο του βασιλιά Φαιστού. Αν και δεν είναι τόσο μεγάλα όσο τα παλάτια της Κνωσού και της Φαιστού, το κτίριο ακολουθεί τα ίδια μινωικά πρότυπα κομψότητας και χρησιμότητας.

Η Άπτερα βρίσκεται έξω από τα Χανιά, στον κόλπο της Σούδας. Το όνομα σημαίνει «χωρίς φτερά» και ο μύθος λέει ότι οι Σειρήνες και οι Μούσες κάποτε αγωνίστηκαν για να δουν ποιος είναι καλύτερος στο να παίζει μουσική. Οι Μούσες κέρδισαν και οι Σειρήνες έκοψαν τα φτερά τους και έγιναν λευκές, πριν βουτήξουν στη θάλασσα. Ιστορικά, η Άπτερα ήταν μια από τις πιο σημαντικές πόλεις-κράτη της Κρήτης για πολλούς αιώνες. Ιδρύθηκε πιθανώς κατά τη γεωμετρική εποχή, έφτασε στο αποκορύφωμά της κατά την πρώιμη ελληνιστική εποχή και συνέχισε να κατοικείται μέχρι την αραβική κατοχή της Κρήτης. Ανάμεσα στα αξιοθέατα είναι μέρος της οχύρωσης της πόλης που εκτείνεται για 4 χιλιόμετρα, ένας μικρός αρχαίος ναός, οι θολωτές δεξαμενές νερού της Ρώμης και δύο φρούρια μεγάλης ιστορικής σημασίας από την Οθωμανική εποχή.